黑龍江公別拉河自然保護區(qū)位于黑龍江省黑河市西南部，地處黑龍江一級支流公別拉河的上游，距黑河市70km，地理坐標為北緯50°00′46″～50°14′14″，東經(jīng)126°23′49″～126°50′22″，保護區(qū)包括727林場的興安營林區(qū)、望江營林區(qū)和大平林場的母子溝營林區(qū)與冷川營林區(qū)等四個營林區(qū)的大部分，東西長31.6km，南北寬25.0km，面積為47983hm2。
黑龍江公別拉河自然保護區(qū)位于小興安嶺東麓北端，其地形地貌組合為波狀丘陵－河床階地－河谷漫灘或波狀丘陵－山麓平坂組合，成因上，前者以剝蝕洪積為主，后者以剝蝕堆積為主。
黑龍江公別拉河自然保護區(qū)位于黑龍江省黑河市的西南部，地處小興安嶺與大興安嶺的接合部，屬寒溫帶濕潤季風氣候區(qū)。全年氣候的特點是：冬季漫長，低溫寒冷；春秋短暫，干燥多風；夏季多雨，氣候涼爽；無霜期短，晝夜溫差大；年平均氣溫-1.5℃，極端最高氣溫34.5℃，極端最低氣溫-44.5℃，年平均降水量527.6mm，多集中在6～9月；大風、暴雨、霜凍等災害性天氣比較多。
黑龍江公別拉河自然保護區(qū)位于小興安嶺東麓北端，與周邊地區(qū)或同緯度地區(qū)相比，水資源相對豐富，多年平均降水量550～600mm，主要集中在6～9月。
本區(qū)地下水屬小興安嶺東麓低山丘陵水文地質(zhì)區(qū)。其水文地質(zhì)特征是：基巖裂隙水及第四紀松散物中的潛水都相當發(fā)育；地下水主要補給來源以大氣降水為主，由于地形平緩，地下水補給較充足。