瑪納斯縣博物館建筑總面積4840平方米，其中展廳面積2100平方米。目前，博物館共舉辦了四個固定展覽，一層是《瑪河魂》展廳，主要是以瑪納斯河為主線，展出瑪納斯縣“中國碧玉之都”、“國家濕地公園”、“國家森林公園”、“國際葡萄酒莊”四張名片，還有《瑪納斯縣家風家訓館》；二層是《瑪納斯歷史文物陳列展》，主要是以歷史為脈絡，展0示瑪納斯縣各個歷史時期的文物；三層是《瑪納斯國防教育展》和《清風館》。
瑪納斯縣博物館新館于2011年11月建成，2012年開始布展，2014年12月正式開館，博物館布展投入資金1175萬元（縣級財政投入1075萬元，爭取上級資金100萬元），瑪納斯博物館建筑總面積4839.68平方米（地下一層、一層、二層、三層分別為1361.94、1361.94、1057.9、1057.9平方米），展廳面積2077.61平方米（一層、二層、三層分別為721.79、677.91、677.91平方米），展線長度606.24米（一層、二層、三層分別為225.6、190.32、190.32米），現(xiàn)有展覽《瑪河魂》、《瑪納斯歷史文物陳列展》、《瑪納斯國防教育展》、《瑪納斯家風家訓館》四個固定展覽，另有《瑪納斯清風館》一個臨時展覽，博物館藏品總數(shù)1526件。瑪納斯博物館庫房面積389平方米，位于地下一層。