元明清天妃宮遺址博物館位于天津市河東區(qū)大直沽中路，占地面積五千八百平方米，建筑面積三千余平方米。博物館主體建筑中央為元明清大殿基址，周圍設兩層展廳。展覽的主題為“海洋的旋律”，以二百余件出土文物及與海洋文化、媽祖文化有關的船舶、建筑等復原模型和三百幅圖片，向觀眾展示古代人類從事海洋文化實踐活動、天津城市的起源、媽祖文化現(xiàn)象、遺址的發(fā)掘等內容。
博物館前廣場矗立一通柱式雕像，通柱象征桅桿，外包石材，采用浮雕手法，自下向上雕刻著代表元、明、清三代不同的海洋圖案。柱的頂端立一尊媽祖像，為一年輕民間少女，雙手輕輕地捧在胸前，雙目遠望，衣上的錦帶隨風飄舞，似在期盼遠航的人們平安歸來，期盼祖國早日統(tǒng)一。
元定都大都(今北京)后，為解決大都的糧食供應問題，開辟了東南沿海到直沽的漕運，東南沿海的糧食等物資源源不斷地運往大都。為了保證海上航行的安全，元政府于元世祖至元年間(公元一二八一至一二八四年)在大直沽修建了天妃靈慈宮。這是中國北方地區(qū)年代最早的媽祖廟。它與福建湄州媽祖廟、臺灣北港朝天宮并稱為中國三大媽祖廟。
一九九八年十二月至一九九九年一月，天津市考古工作隊在天妃宮遺址發(fā)掘出元代建筑基址與明、清時期的天妃宮大殿基址，并出土了大量的元、明、清建筑構件和生活用品。二000年九月，國家文物局專家組專程對遺址進行鑒定，確認大直沽是天津歷史文化名城的原生點，天妃宮則是這個原生點的標志，是天津歷史上唯一極為寶貴的遺跡。為了保護這一重要的歷史遺存，天津市政府決定在原址建立元明清天妃宮遺址博物館。