肇源博物館建成于1999年7月18日，現于肇源縣文物管理所館所合一，合署辦公。館所現有在冊職工10人，館區建筑面積1440平方米,共設古動(dòng)物化石、歷史文物陳列、革命英烈、建國五十年、前進(jìn)中的肇源、“98”抗洪等到六個(gè)展廳。現有自然、歷史、藝術(shù)等藏品897件，其中玉器、青銅器、瓷器、陶器等文物精品41件，古動(dòng)物化石標本“王氏水牛”完整率為國內僅見(jiàn)。
基本陳列——《肇源歷史文物陳列》展廳面積240平方米，主體陳列以時(shí)間順序和重要歷史事件為主線(xiàn)，充分利用白金寶遺址、小拉哈遺址、望海屯古城、大青山古戰場(chǎng)、衍福寺雙塔等國家、省、市級文物保護單位考古發(fā)掘實(shí)物資料，全面展示肇源從古至今的歷史發(fā)展進(jìn)程，重點(diǎn)突出北方松嫩流域史前文明和青銅時(shí)代古橐離、古夫余族政治經(jīng)濟文化面貌的考證研究。同時(shí)對轄區遼金時(shí)期古城址、春捺缽行宮漁獵活動(dòng)、出河店戰役，明清古驛路，站人文化等單元予以豐富的實(shí)物、圖片展示和文字介紹。此展展出文物藏品500余件。
專(zhuān)題陳列——《肇源古動(dòng)物化石》、《肇源大地革命英烈》、《肇源民俗》、《“98”抗洪》、《前進(jìn)中的肇源》五個(gè)展區。《肇源古動(dòng)物化石》陳列，展廳面積180平方米，以轄區出土的鎮館之寶“肇源王氏水牛”骨架化石，松花江猛犸象、披毛犀等骨架化石為實(shí)物資料，結合背景彩繪和圖片說(shuō)明，展示了第四紀更新世晚期（距今1.5—2萬(wàn)年），肇源松嫩兩江古河床遠古動(dòng)物的生存狀態(tài)，對古氣象、地理、生物之間的關(guān)系進(jìn)行探討。展品100余件。《肇源大地革命英烈》陳列，展廳面積60平方米，主要通過(guò)檔案圖片、烈士英名錄和部分烈士生前所用實(shí)物等予以專(zhuān)題展示。該展以“東北抗聯(lián)十二支隊”、“十三省”以及解放戰爭和抗美援朝中犧牲烈士為主體，串聯(lián)出重要戰役、事件和重點(diǎn)人物，反映了肇源革命老區優(yōu)良的革命傳統和革命烈士英勇頑強、不畏犧牲的斗爭精神。展品120余件。《肇源民俗》陳列，展廳面積80平方米，重點(diǎn)展示肇源省級非物質(zhì)文化遺產(chǎn)“古驛道站丁習俗”、“古建筑彩繪藝術(shù)”及民俗文物等項內容。《前進(jìn)中的肇源》陳列，展廳面積150平方米，該展反映了建國以來(lái)肇源各個(gè)歷史時(shí)期的發(fā)展面貌，尤其是改革開(kāi)放以來(lái)，肇源發(fā)生的巨大變化。通過(guò)一幅幅圖片、一件件實(shí)物，讓觀(guān)眾看到了一座美麗環(huán)保、和諧富裕的新肇源城。展品200余件。《“98”抗洪》陳列，展廳面積50平方米，該展以1998年松嫩流域發(fā)生三百年不遇特大洪水為主線(xiàn)，展示了原國家主席胡錦濤同志親臨肇源抗洪前線(xiàn)視察指揮，肇源人民與各級黨政部門(mén)、解放軍部隊密切配合、協(xié)同作戰，勇斗洪魔，譜寫(xiě)了一曲眾志成城、堅強不屈、抗災自救、重建家園的壯麗凱歌。展品約300件。
全縣共有各類(lèi)文物遺址105處，其中國家級1處、省級4處、市縣級100處。1999年12月，肇源博物館被省文化廳、省文物局評為“全省十大優(yōu)秀陳列展覽提名獎”；2001年11月，被黑龍江省委、省政府命名為“第三批愛(ài)國主義教育基地”。