王因遺址位于山東省兗州市王因鎮(zhèn)王因村南面的一片稍隆起的臺地上，與周邊平地高約1米。
遺址東2公里為古老的泗河，遺址北側(cè)有一條古河道。遺址中心部分面積為6萬平方米，外緣面積12萬平方米，是一處較大型的遺址。1975年秋至1978年秋，中國社會科學院考古研究所對此遺址共進行了7次發(fā)掘，揭露面積10180平方米，發(fā)掘新石器時代墓葬899座，房址14座，灰坑423座。出土了大量石、陶、骨、玉、蚌、牙、角質(zhì)器物，還有不少的動物遺骸等。
王因遺址分為五層，二至四層為大汶口文化早期地層，第五層為北辛文化晚期地層。王因遺址墓葬全部出在大汶口文化地層中，葬式以仰身直肢葬為主，合葬和二次合葬占一定比例，側(cè)身和曲肢葬為數(shù)較少。王因遺址墓葬區(qū)是全國最大的史前墓地之一和發(fā)現(xiàn)墓葬最多的氏族公共墓地。王因遺址的發(fā)掘以墓葬區(qū)為主，尚有大面積的生活區(qū)保存完整。王因遺址0土的生產(chǎn)工具、生活用具、墓葬隨葬品以及亞熱帶動物遺骸，為研究史前生活習俗、埋葬方式、人類體質(zhì)特征和史前環(huán)境提供了重要的實物資料。
王因遺址所反映出來的大汶口文化和北辛文化，從而對確立兩種文化的傳承關(guān)系，提供了非常關(guān)鍵的地層依據(jù)。王因遺址的發(fā)掘資料由中國社會科學院考古研究所編著為《山東王因》考古專著，并由科學出版社出版發(fā)行。
2006年王因遺址作為新石器時期的古遺址，被國務(wù)院列入第六批全國重點文物保護單位。