昆山華藏寺由位于昆山馬鞍山原慧聚寺子院演變而來。慧聚寺，建于梁代天監(jiān)十年（公元511年）。吳興沙門慧向為該寺之開山。慧向，為梁武帝蕭衍之師。梁武帝賜鐵香爐、絲繡佛像，又賜田二頃、山一座、木千枝。
慧向初來昆山時，因放錫禪坐于馬鞍山脅石室，以二虎為侍，思欲立精舍而不能。相傳當夜，風雨暴作，林木怒號，樸斫之聲聞于遠近，人皆怪之。翌日，黎明時刻，殿基成，臺階基石砌就，是山神之助。初建時，有大殿、小殿。至唐武宗會昌間（公元841—846年），詔毀天下佛宇，慧聚寺亦遭其難。
北宋宣和間（公元1119—1125年），由信法師將馬鞍山東北麓之慧聚寺子院改建為十方賢者講寺，并易名為 “華藏講寺”。南宋淳祐戊申之秋（公元1248年）由僧良拱復建大佛閣，名為“神運大雄氏殿”。明洪武十三年（公元１３８０年），僧大雅將“華藏講寺”從馬鞍山北麓移建于西山之巔。明萬歷二十二年（公元1594年）僧寂默重建山門和天王殿。
在山頂有一凌霄塔，又名至尊多寶塔，一說由慧向建于梁天監(jiān)十年(公元511年) ，一說建于唐代。元大德三年（公元1299年），僧延福、希范重建該塔。明萬歷三十二年（公元1604年），僧寂默重修凌霄塔成七層。
清康熙四十四年（公元1705年）春，康熙皇帝巡幸馬鞍山，并登文筆峰，作詩留題。知縣將其址改建為“皇亭”，右為圓聚山房，轉西為三官殿，稱小云臺，又有真武殿居文筆峰巔，旁為地藏殿，其側為文星殿，其前為春風亭。百里樓前左偏為含秀山房，中有半隱藏樓，其東為圓靜庵 ，后改葺為觀音殿，其西為問龍閣，其景美不可勝。
清咸豐十年（公元1860年），除凌霄塔外，均毀于兵。
民國二十三年（公元 1934年），邑人重修凌霄塔，不料修至第七層時，“八一三”事變爆發(fā)，后塔遭日機轟炸，塔受損。民國二十六年（公元1937年），日侵華，山寺被炸，山被日軍所占。勝利后僧人搭建平房三間，一直維持到1949年解放。
1992年6月，昆山市人民政府批準重建華藏寺，地址在馬鞍山南麓翠微閣西，用地面積五畝。1997年8月，華藏寺再次易地重建于馬鞍山之南、馬鞍山路之北、亭林公園西大門之東，建筑面積3000平方米。2001年10月華藏寺竣工。2004年6月5日舉行開光慶典，由秋風大和尚致答謝詞。寺院前有橫跨在小溪上的伯生橋，寺院樓宇俱宋代建筑風貌，巍巍壯觀，屋頂為金黃色的琉璃瓦，有天王殿、大雄寶殿、觀音殿、地藏殿等，規(guī)模宏大。
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交通指南
景區(qū)地址：江蘇省蘇州昆山市馬鞍山東路亭林公園
乘車線路：昆山市內乘105、109、10、118、12、161、18、19、1、29、51、旅游6號線等路公交在亭林公園站下車可達。