克孜爾尕哈石窟位于新疆維吾爾自治區(qū)庫(kù)車縣西北14公里的鹽水溝旁的卻勒塔格山脈南麓，與克孜爾尕哈烽隧毗鄰。始建于公元5世紀(jì)。

石窟開(kāi)鑿在東西寬170米，南北長(zhǎng)300米范圍內(nèi)的崖壁上。分為東、西兩大組群，現(xiàn)存洞窟54個(gè)，編號(hào)洞窟46個(gè)，其中較完整的洞窟39個(gè)，有壁畫(huà)的洞窟13個(gè)。洞窟時(shí)代大致可分為兩期，前期為公元6～7世紀(jì)，后期為公元10世紀(jì)以后。根據(jù)國(guó)王和王族供養(yǎng)像及龜茲文題記分析，這里曾是龜茲王室寺院。石窟建筑形式多樣，按功能分有支提窟、僧房窟、講經(jīng)堂、禪窟等；按窟頂形狀分有、平頂、券頂、穹廬頂、套斗頂、覆斗頂?shù)取，F(xiàn)存較完整的39個(gè)窟可劃分為5組，每組都具有禮拜、講經(jīng)、禪修和居住等各種功能。

石窟壁畫(huà)均是典型的龜茲風(fēng)格，有佛本生故事40余種，因緣故事20余種，還有佛傳故事畫(huà)及龜茲文題記。本生故事繪在中心柱窟甬道側(cè)壁上，且畫(huà)面較大，為龜茲其他石窟所少見(jiàn)。全盛期的石窟壁畫(huà)展示了“曲鐵盤(pán)絲”畫(huà)法，色彩鮮明華麗，人物姿態(tài)自然，服飾華美多樣。其中以第30窟的八身飛天最為著名。

克孜爾尕哈石窟是距古代龜茲國(guó)都城最近的一處石窟寺，屬于國(guó)家寺院，是龜茲石窟的重要組成部分，也是“絲綢之路”上一處重要的佛教文化遺址。其中的講經(jīng)窟在龜茲石窟中別具一格，其濃郁的龜茲畫(huà)風(fēng)及珍稀的龜茲文題記具有極高的歷史、科學(xué)價(jià)值和獨(dú)特的藝術(shù)價(jià)值。

2001年6月，克孜爾尕哈石窟被國(guó)務(wù)院公布為第五批全國(guó)重點(diǎn)文物保護(hù)單位。