甘肅太子山國(guó)家級(jí)自然保護(hù)區(qū)位于臨夏回族自治州與甘南藏族自治州之間，東南起洮河下游地區(qū)，西南與甘南州臨潭、夏河、合作、卓尼四縣（市）及青海省循化縣毗鄰，東北和臨夏州康樂(lè)、和政、臨夏、積石四縣相接。地理位置介于東經(jīng)102°43′～103°42′，北緯35°02′～35°36′之間。東西長(zhǎng)約100公里，南北寬約10公里。保護(hù)區(qū)總面積127萬(wàn)畝。
保護(hù)區(qū)前身為臨夏州太子山總場(chǎng)，建場(chǎng)于1957年；1991年更名為“臨夏回族自治州太子山水源涵養(yǎng)林建設(shè)總場(chǎng)”；2001年12月，甘肅省政府決定將太子山林區(qū)移交省林業(yè)廳直屬管理，2002年7月，省政府頒發(fā)了林權(quán)證；2003年9月，太子山自然保護(hù)區(qū)管理局掛牌成立；2005年12月，批準(zhǔn)為省級(jí)自然保護(hù)區(qū)；2012年1月由國(guó)務(wù)院辦公廳確定為國(guó)家級(jí)自然保護(hù)區(qū)。
保護(hù)局為縣級(jí)事業(yè)單位，內(nèi)設(shè)14個(gè)部門(mén)科室,下轄紫溝、東灣、藥水、松鳴巖、新?tīng)I(yíng)、甲灘、關(guān)灘和槐山子8個(gè)保護(hù)站（圃），7站1圃設(shè)立了42個(gè)保護(hù)段（點(diǎn)）。保護(hù)區(qū)成立有甘肅省森林公安局太子山分局，為副縣級(jí)建制，下轄紫溝、東灣、藥水、新?tīng)I(yíng)、刁祁5個(gè)林區(qū)派出所。保護(hù)局實(shí)行局站點(diǎn)三級(jí)管理體系,現(xiàn)有職工442人。
保護(hù)區(qū)屬于自然生態(tài)系統(tǒng)類(lèi)別——森林生態(tài)系統(tǒng)類(lèi)型自然保護(hù)區(qū)。保護(hù)區(qū)生物多樣性十分豐富，稀有性顯著，據(jù)考察，共有維管植物838種，其中稀有瀕危和重點(diǎn)保護(hù)植物有桃兒七、紅花綠絨蒿、星葉草等51種；脊椎動(dòng)物208種，包括雪豹、林麝、蘇門(mén)羚等國(guó)家重點(diǎn)保護(hù)野生動(dòng)物11種，鳥(niǎo)類(lèi)130種，包括胡兀鷲、蒼鷹、藍(lán)馬雞等國(guó)家重點(diǎn)保護(hù)鳥(niǎo)類(lèi)21種；有兩棲爬行動(dòng)物8種，其中兩棲類(lèi)5種，爬行類(lèi)3種；有魚(yú)類(lèi)10種；昆蟲(chóng)682種；有大型真菌61種。物種總數(shù)1789種，占甘肅省物種總數(shù)3560的50.25%。
保護(hù)區(qū)屬溫帶大陸性氣候，年平均氣溫5.1℃，無(wú)霜期110天左右，年平均降雨量660毫米。保護(hù)區(qū)海拔在2200—4636米之間，主要由太子山脈發(fā)源而來(lái)的一系列山峰和溝谷組成，其中海拔超過(guò)4000米以上的山峰有：巴楞山（4080米）、公太子山（4162米）、母太子山（4332米）等。從東向西縱布著近30條峽谷，每條山谷間都有河（溪）流流淌:據(jù)統(tǒng)計(jì)，發(fā)源于保護(hù)區(qū)的大小河（溪）流近200多條，其中較大的河流有16條。由于境內(nèi)群峰林立，溪流奔涌，地貌奇特，林海雪原，形成了二郎廟、麻山峽、后東灣、扎子河、藥水峽、松鳴巖、鐵溝、大灣灘、三岔溝、槐樹(shù)關(guān)、關(guān)灘等10多處風(fēng)光各異的森林風(fēng)景區(qū)，吸引了省內(nèi)外游客紛紛前來(lái)休閑度假、觀光旅游。
長(zhǎng)期以來(lái)，保護(hù)局始終致力于自然保護(hù)區(qū)保護(hù)、管理和發(fā)展，堅(jiān)持不懈推進(jìn)退耕還林、天然林保護(hù)、三北防護(hù)林體系等林業(yè)生態(tài)工程建設(shè)及國(guó)家重點(diǎn)公益林建設(shè)，持續(xù)恢復(fù)擴(kuò)大森林資源，森林覆蓋率達(dá)到32.16%，有林地面積由12萬(wàn)畝增加到36.8萬(wàn)畝，活立木總蓄積由11萬(wàn)立方米增加到36.4萬(wàn)立方米，實(shí)現(xiàn)了森林資源面積和蓄積的雙增長(zhǎng)。區(qū)內(nèi)生物多樣性也大幅度增加，已造就一片甘肅省中部地區(qū)最大的天然林基地。特別突出的是，這片綠色寶地除了穩(wěn)定地發(fā)揮森林調(diào)節(jié)氣候、防風(fēng)固沙、減碳貯養(yǎng)等功能外，她所涵養(yǎng)的水源，滿足了藥水、大灣灘、太子山水庫(kù)等大型水庫(kù)備用水源，在太子山林區(qū)埋設(shè)的26條飲水管道，供給著臨夏州三分之二人民群眾的生活用水和灌溉用水。因此，太子山國(guó)家級(jí)自然保護(hù)區(qū)被稱(chēng)為臨夏州乃至甘肅省中部地區(qū)的綠色屏障。