鐘樓坐落在鐘樓廣場，與四眼井相鄰。1993年，鐘樓被江蘇省人民政府公布為省級文物保護單位。
鐘樓始建于明代隆慶三年(1569年)，改建于明代崇幀十年(1637年)。樓身呈四方形，花崗巖條面基礎(chǔ)，十分堅固；上下兩層，結(jié)構(gòu)精巧。周圍圍以長條杉木柵欄，回廊環(huán)抱，金壁杏墻，雕花額仿，三輔作斗拱，層層疊疊，縱橫交錯，支托著遠伸外挑的飛檐樓頂。脊頂高聳，形似游龍；角背高懸，狀如飛鳳；翹檐反宇，勢同騰翼。樓門西向，上刻“阿彌陀佛”四字，行書字體，神韻圓潤，為本邑名家劉但吾所書。門內(nèi)正中有石碑一座，品質(zhì)石雕，屈足昂首，負重若輕。石碑正面刻有觀音大士像，手執(zhí)柳枝，腳踏南海碧波，白衣素裹，神采飄逸。身后一童子，背負葫蘆，稚氣可掬。寥寥幾根線條，即勾畫出一幅栩栩如生的佛像，實非大家高手所不能為也！石碑陰面，刻有明代隆慶年間知縣張秉鐸撰寫的《崇圣寺鐘樓記》，記述了鐘樓建造經(jīng)過和落成年月。石刻碑文為明代著名書畫家周天球所書。楷書篆刻，圓轉(zhuǎn)遒麗。從碑文剝落的字跡推測，正面的觀音大士像亦當(dāng)出自周天球之手。觀音碑也被江蘇省人民政府于1993年公布為省級文物保護單位。
鐘樓上層的橫梁上懸掛銅鐘一座，高8尺，直徑4尺余，重5000余斤。鐘上鑄有銘文。鐘的上方為“愿佛慶眾生”；下方為“顓帝心鳧治枝”；東為“聞鐘聲罪孽輕”；男為“菩提長智慧生”；西為“辨昏曉喻警惕”；北為“感斯應(yīng)昭人拯”。銘文揭示了鐘的作用：即鐘聲可以使人自警、自律、自聰、自明，多做善事。相傳懸掛銅鐘時，梁柱不耐銅鐘之重壓，樓身搖晃不已。工匠們大驚失色，一籌莫展。正在無奈之時，來了一位白發(fā)童顏的老者。老者幫助掛好銅鐘后，便從腳上脫下一只草鞋，墊在鐘鏊梁木之間，鐘樓遂穩(wěn)然聳立，平安無恙。掛好鐘，老者吩咐，待他走后三天方可敲鐘，這樣鐘聲可傳遍天下。但崇圣寺和尚不耐三天的等待，待老者走后不到片刻便匆匆敲響了大鐘。此時，老者剛剛走出10里，于是此鐘只能聲傳10里。人們這才醒悟，那老者原來是上界神仙下凡。
明代，官府用“銅壺漏滴”報時，早晨卯時，晚上亥時，各嗚鐘108響。后有時鐘報時，便在早晨6時、晚上10時兩次嗚鐘。清代同治十年(1884年)，知縣葉滋森重新修葺鐘樓，并有記事的石碑砌在樓前面壁之下。據(jù)載，鐘樓原有田產(chǎn)20畝，作為管理和維修鐘樓的固定經(jīng)費。后來，田產(chǎn)挪撥它用，經(jīng)費便無著落，鐘樓逐漸老化，鐘聲也悄然無聞。