明清的漕運總督部院位于淮安府城中心，與南面的北宋鎮淮樓、迎熏門(mén)(南門(mén))，和北面的淮安府署在同一條中軸線(xiàn)上。規模宏偉，占地約2萬(wàn)平方米，有房213間，牌坊3座，中曰"重臣經(jīng)理"，東西分別曰:"總共上國"、"--中原"。依中軸線(xiàn)設大門(mén)、二門(mén)、大堂、二堂、大觀(guān)樓、淮河節樓、后院等;東側有官廳、書(shū)吏辦公處、東林書(shū)屋、正值堂、水土祠、一覽亭等;西側有官廳、百錄堂、師竹齋、來(lái)鶴軒等;在大門(mén)外東西兩側各有一座牌坊，大門(mén)對面有照壁，大門(mén)前還有元代從波斯國運來(lái)的白礬石獅子一對。大堂坐北朝南，東西長(cháng)28.8米、南北寬22.8米，五開(kāi)間五進(jìn)，青磚地坪，有大柱34根。漕運總督衙門(mén)大堂遺址，現存有33個(gè)柱礎1860年，漕運總督署遷往15千米外的清江浦，這里的建筑逐漸廢棄。