慈云禪寺位于清江大閘南側，原名“慈云庵”，是江淮地區著(zhù)名的寺廟，始建于明朝萬(wàn)歷二十年（1592年）。清康熙十四年（1675年）秋，被順治皇帝敕封為“大覺(jué)普濟能仁琇國師”的玉琳法師南游到清江浦的“慈云庵”，八月十日趺坐而逝。康熙頒詔厚葬，重修“慈云庵”并建“法王塔”。雍正十三年（1735年），清世宗胤禛下詔在“慈云庵”原址新建，改“慈云庵”為“慈云禪寺”，并親題匾額。
當時(shí)的“慈云禪寺”占地二十五畝。門(mén)前照壁，左右分別有“春靄慈云坊”和“澤溥萬(wàn)方坊”兩座牌坊。五重殿宇，華麗壯觀(guān)，寺內遍植蒼松翠柏、名貴花木，四季溢香。乾隆四十五年（1780年）與四十九年（1784年）兩次南巡，均入寺瞻禮。咸豐十年（1860年）捻軍攻入清江浦，慈云寺被全部焚毀。
同治元年（1862年），慈云寺得以復建重修，歷經(jīng)二十年才恢復舊貌。復建以來(lái)，該寺一直處于半寺半衙的狀態(tài)。同治年間，李鴻章的淮-運局設于寺中。光緒三十年（1904年），地方士紳在寺中辦“浦惠粥廠(chǎng)”賑濟災民。光緒三十二年（1906年）江蘇提督劉永慶于寺中辦“江北警察員弁學(xué)堂”，后復設警察分局。
民國七年（1918年），“慈云寺”的“大雄寶殿”再次毀在大火中。連年的戰亂，加上水、旱災禍相繼，后又遭日寇入侵，寺院從此一蹶不振。民國二十五年（1936年），中國佛教協(xié)會(huì )淮陰支會(huì )成立，會(huì )址即設于寺內。解放前，寺內還舉辦過(guò)“大成-”（兒童慈善學(xué)校）。
解放后，“慈云寺”由淮陰花紗布公司及五金公司先后占用。1986年，省政府批復同意將“慈云寺”修復開(kāi)放，列為省重點(diǎn)寺廟之一。
從1990年冬開(kāi)始，“慈云禪寺”開(kāi)始了全面修復，歷時(shí)四年，終于對外開(kāi)放，重現昔日莊嚴雄偉的風(fēng)貌。