慈云禪寺位于清江大閘南側(cè)，原名“慈云庵”，是江淮地區(qū)著名的寺廟，始建于明朝萬歷二十年（1592年）。清康熙十四年（1675年）秋，被順治皇帝敕封為“大覺普濟(jì)能仁琇國師”的玉琳法師南游到清江浦的“慈云庵”，八月十日趺坐而逝。康熙頒詔厚葬，重修“慈云庵”并建“法王塔”。雍正十三年（1735年），清世宗胤禛下詔在“慈云庵”原址新建，改“慈云庵”為“慈云禪寺”，并親題匾額。
當(dāng)時的“慈云禪寺”占地二十五畝。門前照壁，左右分別有“春靄慈云坊”和“澤溥萬方坊”兩座牌坊。五重殿宇，華麗壯觀，寺內(nèi)遍植蒼松翠柏、名貴花木，四季溢香。乾隆四十五年（1780年）與四十九年（1784年）兩次南巡，均入寺瞻禮。咸豐十年（1860年）捻軍攻入清江浦，慈云寺被全部焚毀。
同治元年（1862年），慈云寺得以復(fù)建重修，歷經(jīng)二十年才恢復(fù)舊貌。復(fù)建以來，該寺一直處于半寺半衙的狀態(tài)。同治年間，李鴻章的淮-運(yùn)局設(shè)于寺中。光緒三十年（1904年），地方士紳在寺中辦“浦惠粥廠”賑濟(jì)災(zāi)民。光緒三十二年（1906年）江蘇提督劉永慶于寺中辦“江北警察員弁學(xué)堂”，后復(fù)設(shè)警察分局。
民國七年（1918年），“慈云寺”的“大雄寶殿”再次毀在大火中。連年的戰(zhàn)亂，加上水、旱災(zāi)禍相繼，后又遭日寇入侵，寺院從此一蹶不振。民國二十五年（1936年），中國佛教協(xié)會淮陰支會成立，會址即設(shè)于寺內(nèi)。解放前，寺內(nèi)還舉辦過“大成-”（兒童慈善學(xué)校）。
解放后，“慈云寺”由淮陰花紗布公司及五金公司先后占用。1986年，省政府批復(fù)同意將“慈云寺”修復(fù)開放，列為省重點寺廟之一。
從1990年冬開始，“慈云禪寺”開始了全面修復(fù)，歷時四年，終于對外開放，重現(xiàn)昔日莊嚴(yán)雄偉的風(fēng)貌。