馬站遺址位于懷來縣小南辛堡鄉(xiāng)小古城村北約1000米的媯水河（現(xiàn)稱官廳水庫）黃砂土質(zhì)的淹沒線內(nèi)。
遺址區(qū)北距懷來縣政府所在地沙城17公里，東北距京包鐵路媯水河大橋1500米，南距小南辛堡鄉(xiāng)政府所在地和東西通過的康祁柏油公路2000米，再南約3000米處是軍都山脈。
該遺址東區(qū)長約500米，南北寬僅存30米，遺址北部浸入湖水中，當(dāng)時(shí)的可見面積約15000平方米。遺址地表散落著泥質(zhì)灰陶，泥質(zhì)黑陶，泥質(zhì)褐陶，夾砂灰陶，夾砂褐陶五種陶片和磨制精細(xì)的石器。因未見斷面，遺存的文化層厚度和層位堆積情況不詳。
1982年7月，被河北省人民政府公布為省級(jí)文物保護(hù)單位。