馬站遺址位于懷來(lái)縣小南辛堡鄉小古城村北約1000米的媯水河（現稱(chēng)官廳水庫）黃砂土質(zhì)的淹沒(méi)線(xiàn)內。
遺址區北距懷來(lái)縣政府所在地沙城17公里，東北距京包鐵路媯水河大橋1500米，南距小南辛堡鄉政府所在地和東西通過(guò)的康祁柏油公路2000米，再南約3000米處是軍都山脈。
該遺址東區長(cháng)約500米，南北寬僅存30米，遺址北部浸入湖水中，當時(shí)的可見(jiàn)面積約15000平方米。遺址地表散落著(zhù)泥質(zhì)灰陶，泥質(zhì)黑陶，泥質(zhì)褐陶，夾砂灰陶，夾砂褐陶五種陶片和磨制精細的石器。因未見(jiàn)斷面，遺存的文化層厚度和層位堆積情況不詳。
1982年7月，被河北省人民政府公布為省級文物保護單位。