南水仙廟又稱松滋王侯廟。明代為祀文天祥部將麻、尹兩將軍，在南上塘立廟，稱’雙忠祠“。因廟址在運河旁的驛道上，運河中運糧士卒和漁民船民經(jīng)過這里，大多會在此停靠歇息，進廟祈禱，遂奉為水仙。
清康熙二十二年(1683年)，錫地民眾為紀念明嘉慶年間的無錫知縣王其勤，在雙忠祠南側另建一廟，因王其勤是湖北松滋人，所以取名‘松滋王侯廟”并將兩廟合為所。清乾隆四十六年重修殿宇，至嘉慶十四年(1809年)拓地擴建，咸豐年間被毀，后又重建。重建后廟宇有頭山門、二門、戲臺、大殿、酒廳、茶廳、蠶師殿及北側的雙忠祠正殿，書廳等建筑。
南水仙廟的廟舍從1928年起成為了谷余小學的校舍，后邑人覺得南門缺少中學又升為中學，更名為培南，遂又復為小學，學校在抗戰(zhàn)時期停辦。1941年，地下黨為了在錫開展工作，需要身份掩護，又復辦培南中學。地下黨員邱寶瑞親任校長其后陸續(xù)來了很多地下黨員，皆以教師身份為掩護，開展革命工作。
南水仙廟1989年列為市文物保護單位，2001年建成無錫市道教觀。在水仙道院保護性修復工程實施過程中，將道教文化融入其中，以道教藝術展示廳、道教音樂博物館的形式布展，充分挖掘和展現(xiàn)無錫道教音樂作為國家級非物質(zhì)文化遺產(chǎn)的獨特魅力。