位于中山北路口，為過江輪渡碼頭。民國18年，為迎接孫中山靈柩由北平運(yùn)到南京安葬，國民政府在今下關(guān)中山北路口建成中山碼頭。是年5月28日，孫中山靈柩經(jīng)浦口碼頭由威勝號軍艦渡江至中山碼頭，經(jīng)中山大道葬于中山陵。此后，中山碼頭僅供停靠官差船只。為了保留這座有紀(jì)念意義的碼頭，南京市政府將下關(guān)至浦口的輪渡從澄--頭遷至中山碼頭。民國22年12月，中山碼頭擴(kuò)建，民國24年春竣工，民國25年3月正式開業(yè)經(jīng)營輪渡，命名為首都輪渡碼頭，不久因與鐵路輪渡(首都鐵路輪渡)名稱易混淆而仍稱為中山碼頭。南京淪陷期間，中山碼頭被侵華日軍侵占用作海軍碼頭，稱安宅棧橋，輪渡碼頭遷至下關(guān)--口。抗戰(zhàn)勝利后，中山碼頭恢復(fù)原來的名稱和輪渡業(yè)務(wù)。
解放后，中山碼頭是下關(guān)至浦口僅有的輪渡航線，每日開航62～70班次，日渡運(yùn)乘客3萬人次以上，還有中山碼頭至六合九里埂航線和中山碼頭至燕子磯等航線。南京長江大橋通車后，航次改為1小時一班，日渡運(yùn)量1萬余人次。1978年后，隨著南京經(jīng)濟(jì)發(fā)展和浦口開發(fā)，日客運(yùn)量增至4萬余人次。除中山碼頭至浦口航線外，還開辟了中山碼頭至采石磯等不定期水上游覽航線。
1990年，已使用50余年的中山碼頭候船室進(jìn)行擴(kuò)建，是年12月29日完工，建成“山”字造型3層樓候船室一座，建筑面積3040平方米，對其他輪渡設(shè)施也分別改造和新建。1992年5月9日，新候船室正式啟用。現(xiàn)侯船室陳列有中山先生奉安大典實況圖片資料及中山碼頭建設(shè)圖片資料。