位于中山北路口，為過(guò)江輪渡碼頭。民國18年，為迎接孫中山靈柩由北平運到南京安葬，國民政府在今下關(guān)中山北路口建成中山碼頭。是年5月28日，孫中山靈柩經(jīng)浦口碼頭由威勝號軍艦渡江至中山碼頭，經(jīng)中山大道葬于中山陵。此后，中山碼頭僅供停靠官差船只。為了保留這座有紀念意義的碼頭，南京市政府將下關(guān)至浦口的輪渡從澄--頭遷至中山碼頭。民國22年12月，中山碼頭擴建，民國24年春竣工，民國25年3月正式開(kāi)業(yè)經(jīng)營(yíng)輪渡，命名為首都輪渡碼頭，不久因與鐵路輪渡(首都鐵路輪渡)名稱(chēng)易混淆而仍稱(chēng)為中山碼頭。南京淪陷期間，中山碼頭被侵華日軍侵占用作海軍碼頭，稱(chēng)安宅棧橋，輪渡碼頭遷至下關(guān)--口。抗戰勝利后，中山碼頭恢復原來(lái)的名稱(chēng)和輪渡業(yè)務(wù)。
解放后，中山碼頭是下關(guān)至浦口僅有的輪渡航線(xiàn)，每日開(kāi)航62～70班次，日渡運乘客3萬(wàn)人次以上，還有中山碼頭至六合九里埂航線(xiàn)和中山碼頭至燕子磯等航線(xiàn)。南京長(cháng)江大橋通車(chē)后，航次改為1小時(shí)一班，日渡運量1萬(wàn)余人次。1978年后，隨著(zhù)南京經(jīng)濟發(fā)展和浦口開(kāi)發(fā)，日客運量增至4萬(wàn)余人次。除中山碼頭至浦口航線(xiàn)外，還開(kāi)辟了中山碼頭至采石磯等不定期水上游覽航線(xiàn)。
1990年，已使用50余年的中山碼頭候船室進(jìn)行擴建，是年12月29日完工，建成“山”字造型3層樓候船室一座，建筑面積3040平方米，對其他輪渡設施也分別改造和新建。1992年5月9日，新候船室正式啟用。現侯船室陳列有中山先生奉安大典實(shí)況圖片資料及中山碼頭建設圖片資料。