江西鄱陽(yáng)湖南磯濕地國家級自然保護區位于鄱陽(yáng)湖主湖區的南部，處在贛江北支、中支和南支三大支流匯入鄱陽(yáng)湖開(kāi)放水域沖積形成的三角洲前緣，其主要保護對象是贛江入湖口濕地生態(tài)系統以及賴(lài)之生存的野生動(dòng)植物資源。受贛江水流和鄱陽(yáng)湖特殊水文相互作用，保護區水陸時(shí)空更替強烈，濕地處于快速演替之中。保護區總面積3.33萬(wàn)公頃（333平方公里），整體位于南昌市新建縣境內的鄱陽(yáng)湖區，包括南磯鄉的全部，以及聯(lián)圩鄉的部分湖區。
因處在贛江口與鄱陽(yáng)湖的結合部，保護區深受贛江和鄱陽(yáng)湖水文節律影響。春夏豐水期時(shí)，保護區被洪水覆蓋，成為鄱陽(yáng)湖浩瀚水域的一部分，只有南山和磯山兩個(gè)人居島嶼出露湖面；秋冬枯水期時(shí)，水落灘出，保護區顯露為贛江三角洲的前緣，呈現河湖交錯，洲灘鑲嵌的濕地景觀(guān)。
保護區完整的河口濕地生態(tài)系統，為濕地物種提供了類(lèi)型完備的棲息地，孕育了豐富的生物多樣性。
保護區通過(guò)綜合科學(xué)考察（2003年－2005年）記錄到維管束植物443種，水生植物156種，浮游動(dòng)物111種，底棲動(dòng)物62種，水生昆蟲(chóng)168種，魚(yú)類(lèi)58種，鳥(niǎo)類(lèi)205種，兩棲動(dòng)物11種，爬行動(dòng)物23種，哺乳動(dòng)物22種。
由于地處贛江、鄱陽(yáng)湖和長(cháng)江的關(guān)鍵節點(diǎn)，保護區具有良好的通江性,不僅是鯉、鯽等經(jīng)濟魚(yú)類(lèi)的重要產(chǎn)卵和育肥場(chǎng)所，也是長(cháng)江中下游地區青、草、鰱、鳙、鰻鱺、刀鱭、鳳尾魚(yú)等洄游型魚(yú)類(lèi)的主要洄游通道甚至最后的避難所，對于鄱陽(yáng)湖、贛江和長(cháng)江漁業(yè)資源保護與可持續利用具有重要意義。
保護區處在東亞－澳大利亞水鳥(niǎo)遷飛線(xiàn)路之中，是重要的水鳥(niǎo)越冬地和中繼站，在候鳥(niǎo)保護上具有國際意義。205種鳥(niǎo)類(lèi)中，國家Ⅰ級保護鳥(niǎo)類(lèi)4種：東方白鸛、黑鸛、白頭鶴、白鶴；國家Ⅱ級保護鳥(niǎo)類(lèi)24種：小天鵝、白琵鷺、花田雞等；保護區觀(guān)察到猛禽15種。
保護區擁有80多種水鳥(niǎo)，，其中16種水鳥(niǎo)種群數量達到國際重要濕地的標準。列入IUCN極危物種名錄的鳥(niǎo)類(lèi)2種，瀕危的3種，易危的7種。
列入中日、中澳政府《候鳥(niǎo)保護協(xié)定》的分別有107種和27種，各占《協(xié)定》種類(lèi)的47%和33%。
保護區典型的入湖口濕地生態(tài)系統，是河口自然地理、水文和生態(tài)環(huán)境監測等學(xué)科的天然研究基地，是研究?jì)汝懞涌跐竦厣鷳B(tài)系統不可多得的場(chǎng)所。
由于緊鄰省會(huì )南昌，保護區是難得的科普教育基地，具有良好的生態(tài)旅游開(kāi)發(fā)潛力。
南磯濕地國家級自然保護區所處的贛江口－鄱陽(yáng)湖濕地生態(tài)系統，還為凈化鄱陽(yáng)湖和長(cháng)江下游水質(zhì)起到了重要作用，并為該地區提供了蓄滯洪水、調節氣候等多項生態(tài)服務(wù)功能。