吐峪溝石窟位于新疆維吾爾自治區(qū)吐魯番地區(qū)鄯善縣吐峪溝鄉(xiāng)，是吐魯番地區(qū)目前已知開鑿年代最早的石窟，是高昌時代最早、規(guī)模最大的一座石窟。
石窟始建于4世紀。5～6世紀，北涼至麹氏高昌時期建寺鑿窟達到熱潮，并成為皇家寺院所在。7～12世紀，回鶻高昌時期也有開鑿或改鑿洞窟。13世紀，隨著伊斯蘭教的傳播逐漸廢棄。20世紀初，外國探險隊至此盜割盜掘，大量珍貴文物流失海外。
洞窟沿吐峪溝兩側(cè)南北長約500米的范圍內(nèi)分布。分東西二區(qū)，現(xiàn)存洞窟總計為94個，編號洞窟46個，其中僅有9個窟留有壁畫。其窟形可分為方型窟、中心柱窟和縱券頂窟。方形窟以其窟頂形式，又可分為平頂式、覆斗式、穹廬式。石窟類型有支提窟、毗訶羅窟和講經(jīng)窟3種。以禪窟和講經(jīng)窟數(shù)量最多，計37個窟，且分居于禮拜窟左右，與克孜爾石窟布局相似，反映了中國早期石窟特征。
吐峪溝石窟的壁畫大部剝落嚴重，較能辨其內(nèi)容的第44窟中，正壁和兩側(cè)壁上均繪一佛二菩薩。本生故事畫較為清晰，計每壁各有1組7幅畫，每幅畫旁有漢文題記。尚可辨認的壁畫內(nèi)容有：“羼提婆利忍辱截割手足”、“摩鉗太子求法赴火”、“慈力王施血飲五夜叉”、“薩那太子舍身飼虎”和“毗楞竭梨王身釘千釘”、“尸毗王割肉貿(mào)鴿”等。
吐峪溝石窟是高昌地區(qū)已知開鑿年代最早的石窟，是中原佛教文化與西域佛教文化最早交匯的地區(qū)。洞窟形制和壁畫遺存反映出多種文化對高昌石窟藝術的影響，是我國佛教藝術的藝術寶庫。吐峪溝石窟附近古老的傳統(tǒng)建筑形制的民居使用至今，在中國土質(zhì)建筑史上也是罕見的。吐峪溝石窟周圍的祆教墓葬、佛教寺院、伊斯蘭教麻扎，反映了當?shù)囟喾N宗教、多種文化的深厚歷史底蘊。
2006年5月，吐峪溝石窟作為南北朝至唐時期的石窟，被國務院批準列入第六批全國重點文物保護單位名單。