金馬寺是昆明地區(qū)最早的佛教寺院，早在東漢，金馬山上就有最早的建筑——金馬神祠。唐儀鳳元年（公元676年），蒙舍威成王加封金馬山神為“金馬名山至德景帝”并命寺額“靈應(yīng)寺”，這是金馬寺最早的文獻(xiàn)記載。
之后金馬寺雖然興廢更替，但是香火終究綿延不絕，洪武十四年（公元1381年）臘月二十三日于明軍攻克昆明，金馬寺毀于戰(zhàn)火；正統(tǒng)三年（公元1438年），已毀五十七年的金馬寺在黔國公沐晟，征南將軍、都督沐昂的支持下，住持法堅(jiān)與鄉(xiāng)賢何仲淵，阮振主持修復(fù)了金馬山靈應(yīng)寺。
據(jù)文史記載，修復(fù)后的靈應(yīng)寺建筑雄偉、金碧輝煌；金馬山上依次建有：三門殿、兩廡廂房、中殿、大雄寶殿、祖堂、齋堂、禪堂、方丈室、僧寮、三賢祠、占地面積宏大，躍居昆明八大名勝之一——金馬朝暉。
萬歷十九年（公元1591年）由于金馬山靈應(yīng)寺年久凋零，在住持興成的操持下，云南巡撫陳永賓再次重修，并撥田地作為寺院永久香火田，寺院規(guī)模更勝于前，正統(tǒng)九年（公元1444年），官民人等襄助建成靈應(yīng)寺塔。
康熙二十年（公元1681年），清庭平三藩之亂，金馬寺毀于兵燹，康熙二十三年（公元1684年）固山貝子彰泰施資，在云南布政使田啟光，綏遠(yuǎn)將軍、總督蔡毓榮，巡撫王繼文的支持下，住持僧書定主持重建，恢復(fù)舊觀。
嘉慶九年（公元1804年）昆明知縣和云貴督標(biāo)副將再次修葺。
嘉慶二十一年（公元1861年）六營官兵新建神冀亭。
咸豐七年（公元1857年）滇西杜文秀起義攻陷昆明，由于金馬山地處入昆要道，寺院再次毀于兵禍，只遺至德殿和靈應(yīng)塔尚存，云貴總督岑毓英布施白銀五十兩，用以修復(fù)古剎，由于資金不足，雖歷經(jīng)二十載的復(fù)建，終未完成舊貌只建成四殿三廡一亭及山門，金馬山靈應(yīng)寺由此凋零敗落。
光緒十八年（公元1892年）住持師訓(xùn)修葺。
從文獻(xiàn)資料看，金馬山靈應(yīng)寺自蒙詔開山以來，雖然朝代更替，代有廢興，始終雄居昆明名勝古剎，據(jù)文獻(xiàn)記載，舊時金馬寺由三個部分組成，最古的是金馬神祠，其它二部份分別是三賢祠和靈應(yīng)寺，舊時建筑宏偉，古樹參天，民國政府曾發(fā)布過保護(hù)金馬山古樹的政令。
金馬山靈應(yīng)寺雖然未復(fù)舊觀，但在昆明地區(qū)的影響依然巨大，可惜“文革”期間像毀僧散，只遺舊殿改為學(xué)校，1983年12月昆明市官渡區(qū)人民政府公布金馬山靈應(yīng)寺的三太子殿、神驥亭和金馬寺塔為重點(diǎn)文物保護(hù)單位。