黑龍江綽納河國家級自然保護區與大興安嶺東緣，與小興安嶺溫帶針闊混交林相鄰。北鄰韓家園林業(yè)局興隆林場(chǎng)，南東靠古龍干林場(chǎng)，西南與嘎拉河林場(chǎng)毗連，西鄰原韓家園林業(yè)局綽納河林場(chǎng)部分施業(yè)區。地理坐標為北緯51°44′24″～51°19′00″，東經(jīng)125°41′03″～126°18′12″。
綽納河自然保護區屬低山丘陵地貌，以丘陵地貌為主，地形起伏不大，地勢由西向東緩緩傾斜，坡度較小，以平緩坡為主。本區最高海拔為605米，最低海拔為238米，平均海拔為421米。
綽納河自然保護區地質(zhì)特點(diǎn)是在母巖中火成巖廣泛分布，區內主要分布花崗巖，其次為玄武巖和安山巖，沉積巖和變質(zhì)巖在局部地區零星分布。
綽納河自然保護區地處寒溫帶，氣候屬寒溫帶大陸性季風(fēng)氣候，冬季受西伯利亞寒流的影響，異常寒冷，但受沿黑龍江而上的溫暖氣團影響，比大興安嶺北和西部地區溫暖而濕潤。
綽納河流域歷年平均降水量為478毫米左右。降水季節分配不均，多集中在7-8月份，其降水量約占全年降水量的一半。
保護區內主要河流有綽納河，發(fā)源于伊勒呼里山北坡，由西向東注入呼瑪河，境內流長(cháng)約25千米。清水河是綽納河主要支流，流長(cháng)約18千米，由西北往東南流入綽納河。空碾子河和東吾羅河是綽納河的兩條支流，空碾子河流長(cháng)約13千米，東吾羅河，流長(cháng)約16千米，均由西南往東北注入綽納河。
綽納河的另一條河流是古龍干河，主河在保護區流長(cháng)48千米，大小支流十余條。這些支流受降雨量影響較大，在7-8月份降水量大的季節雨量集中，因而水流大；雨量疏緩水流小，甚至有的干涸，河槽明顯，形成大面積的濕地景觀(guān)。